En 1959, R. H. Whittaker propuso el popular sistema de cinco reinos. Incluye los clásicos de animales y plantas, el de los hongos, el de los móneras (bacterias) y el de los protoctistas (seres eucariotas unicelulares y pluricelulares, pero sin tejidos).
En la representación más común, los cinco reinos forman una especie de árbol con varias ramas. La base del árbol está integrada por el reino de los móneras, que agrupa muchos grupos diferentes de bacterias
Los protoctistas se desarrollaron a partir de las bacterias, aunque no se sabe a partir de qué grupo. En cualquier caso, todos los eucariotas tienen en su interior mitocondrias o cloroplastos, que descienden de bacterias simbióticas ancestrales .
A partir de distintos grupos de protoctistas, surgió el resto de los reinos. Al parecer, las plantas descienden de algas clorófitas.
Los hongos y los animales descienden cada uno de un grupo de protoctistas heterótrofos y están más relacionados entre sí que con las plantas.